退伍军人和彦某天突然接到组织的召唤，要求他护送一军方秘密武器到指定地点，而这所谓的秘密武器，就是有着常绿眼睛，深具毁灭力量的四叶三叶草——Su。

由于自己所拥有的能力，Su从小便被军方买下，软禁在禁锢的牢笼，宛若长有翅膀，渴望天空，却无法自由飞翔的鸟儿……

由和彦带自己离开，是Su最初的，也是最后的愿。在与织叶约定的地方，三个人一起，唱那首——关于幸福的歌……

三叶草，是能力者的象徽，这些人被按照能力的大小，分成了一叶，二叶，三叶，还有——禁忌的四叶…

Su，四叶三叶草，深具毁灭的力量，小时候被母亲卖给军方，之后一直软禁于"鸟笼”中…

——即便我死了，也没有人会流泪，我就这样死了，什么也不会改变…

三叶的三叶草原有3个，编号为A、B、C，后来A杀死了B，C则从军方禁锢中逃出，为银月收养，改名为蓝。

——也许，能够重生

作为军人的银月本身也是二叶的三叶草，在C逃出后向军方提出将C交由他来监视，军方采纳了他的建议。

之后为防止他联合自己二叶和C三叶的力量，军方于银月脑中植入自爆装置。

——想要光的话，就自己点亮它

织叶是酒吧的歌女，和彦的恋人，因为一叶的力量太过微不足道而被打上记号后便放走了，她唯一的力量是预知自己的死。

——若能够永远继续下去…

三叶草，不属于任何人

与其他的三叶草不同，四叶的三叶草是绝对不可以离开笼子的…

Su从小便被关在禁锢的牢笼，完全不与外界接触，虽然总想着即使自己死了这个世界也不会有所改变，却依然对外界的一切充满好奇

从织叶那里听说了和彦的事，Su和织叶约定，三人一起去妖精的游乐场…

Su以为，织叶便是一位会唱歌的妖精，Su不了解死亡，只是织叶死后，再也听不到她的歌声，Su便恳求婆婆塑造了她想象中的织叶的雕像

在电台反复播放的那首歌，便是Su和织叶一起创作的，她们的合声——《CLOVER》

Su履行了自己与婆婆的约定，在妖精的游乐场结束了自己的生命。

——谢谢你，和彦，我得到幸福了…

《CLOVER》的故事有四个部分，前两部分是公主和王子的故事，第三部分是一叶的故事，而最后一个部分，便是属于贰叶和叁叶两人的故事了…

作为贰叶的三叶草和叁叶的三叶草，银月和蓝都是非常有个性的角色。

听说和彦带回了肆叶（虽然和彦没这么说，但两人都心照不宣了），蓝便全身心地投入想要帮助Su和和彦，银月虽然嘴上冷言相对，却也在暗中帮助Su和和彦（也有任务的成分）…

也许，这便是三叶草之间的羁绊吧…

织叶一生只有两个愿望，能够站在真正的舞台上唱歌，和能与自己的爱人永远在一起，可惜她的能力使她知道了自己的死期，每日有和彦相伴却一直害怕失去这样的幸福。而织叶最终也没能走上真正的舞台，她和素共同谱写的《CLOVER》却在她死后流传至大街小巷…

和彦手心绿叶形的印记

是心中永远无法愈合的烙印…

那个只说"请带我走”的女孩

完全没有提要回来的事…

三叶草不属于任何人

所以，爱上三叶草的人——很不幸…

Clover is primarily about a young girl called Sue, whose name was stated to be derived from the Chinese word for four (sì) since she is a "4-leaf Clover". In the futuristic world that she inhabits, the military conducted a search for gifted children nicknamed "Clovers", who seemingly have the magical ability to manipulate technology. Demonstrations of their powers include teleportation and summoning weapons from thin air.
Classified according to how powerful they are, the children were then tattooed with a symbol of the Clover Project, with the number of leaves on the Clover indicating their power. To date, Sue is the only "4-leaf Clover" discovered. Along with other "Clovers", Sue was imprisoned to prevent her contact with other humans, as the government feared that she might develop feelings and be used as a weapon to jeopardize the country's national security.
Being isolated from the rest of mankind, Sue craves for company, and as for her only wish, she asks to visit "Fairy Park." Her escort is Kazuhiko, an ex-military soldier who has been forced to undertake the task. It is later revealed that Kazuhiko and Sue are connected through Kazuhiko's deceased lover, Ora.